Zufallsauswahl, anonyme Anzeige oder auffällig niedrige Gewinne – die Gründe für eine Betriebsprüfung sind vielfältig. Wer seine Rechte kennt, den richtigen Zeitpunkt für eine Selbstanzeige nicht verpasst und klug kommuniziert, kann Nachzahlungen vermeiden. Ein Überblick von der Ankündigung bis zur Anschlussprüfung.

1. Wann kommt es zu einer Betriebsprüfung?
Warum das Finanzamt sich zu einer Betriebsprüfung anmeldet, kann verschiedene Gründe haben. Bei sogenannten Großbetrieben prüft das Finanzamt jedes Jahr. Immer wenn für drei oder vier Jahre Erklärungen abgegeben wurden, startet die Prüfung erneut. Bei kleinen und mittleren Handwerksbetrieben kann eine Prüfung des Finanzamts aufgrund einer Zufallsauswahl stattfinden. Nach dem Motto "kein Unternehmer sollte sich in Sicherheit wiegen können, dass nie eine Prüfung stattfindet".
Zudem wird das Finanzamt einen Prüfer schicken, wenn die Gewinnermittlung Ungereimtheiten aufweist und diese durch Rückfragen nicht geklärt werden können. Ein weiterer Prüfungsgrund kann eine anonyme Anzeige sein, der nachgegangen wird oder die dem Finanzamt gemeldeten Umsätze passen nicht mit vorliegendem Kontrollmaterial (zum Beispiel Rechnungen eines Kunden) zusammen.
2. Ankündigung einer Betriebsprüfung
Bevor eine Betriebsprüfung des Finanzamts startet, wird sich der Prüfer entweder beim selbstständigen Handwerker oder bei dessen Steuerberater telefonisch melden und einen Termin für den Start der Prüfung vereinbaren. Anschließend schickt der Prüfer per Post die sogenannte Prüfungsanordnung. Darin enthalten sind die Informationen, welche Steuerjahre bei der Betriebsprüfung unter die Lupe genommen werden, wann und wo die Prüfung beginnt. Die Prüfungsanordnung enthält auch den Namen und die Kontaktdaten des Prüfers.
3. Zwischen Anruf und Prüfungsanordnung
Das Zeitfenster zwischen dem Anruf des Prüfers und dem Erhalt der Prüfungsanordnung ist enorm wichtig. Denn sollte man aus welchen Gründen auch immer steuerlich ein schlechtes Gewissen haben, ist in dieser kurzen Zeit noch die Einreichung einer strafbefreienden Selbstanzeige möglich. Da die Spielregeln hier sehr kompliziert sind, sollte eine solche Selbstanzeige nur zusammen mit einem erfahrenen Steuerberater erstellt werden. Landet die Prüfungsanordnung im Briefkasten, ist es für eine strafbefreiende Selbstanzeige leider zu spät.
4. Immer den Steuerbescheid checken
Ob vom Finanzamt eine Betriebsprüfung geplant ist, kann übrigens anhand der vergangenen Steuerbescheide erkannt werden. Denn steht in der Betreffzeile eines Bescheids ohne ersichtlichen Grund "Der Bescheid steht nach § 164 AO unter dem Vorbehalt der Nachprüfung", kann das ein Indiz für den bevorstehenden Besuch eines Finanzamtsprüfers sein. Meist, wenn drei Steuerbescheide unter dem Vorbehalt der Nachprüfung stehen, meldet sich der Prüfer.
5. Nachschau statt Prüfungsanordnung
Neben der Betriebsprüfung, bei der die Ankündigung der Prüfung mittels einer schriftlichen Prüfungsanordnung ein Muss ist, gibt es auch noch sogenannte Nachschauen. Hier kann es passieren, dass es klingelt und unangekündigt ein Prüfer des Finanzamts vor der Tür steht und die Aushändigung von Steuerdaten fordert. Gemeint ist die Lohnsteuer-Nachschau, die Umsatzsteuer-Nachschau oder die Kassen-Nachschau.
6. Rechte vor Prüfungsbeginn
Vor der Betriebsprüfung haben selbstständige Handwerker bereits erstmals Rechte. Passt der vom Prüfer vorgeschlagene Termin für den Prüfungsbeginn nicht, kann der Unternehmer selbst einen Termin vorschlagen. Auch der Ort, an dem die Prüfung stattfinden soll, kann vom Selbstständigen frei gewählt werden. Zur Auswahl stehen folgende Prüfungsorte: Die Prüfung in betrieblichen Räumlichkeiten des Handwerkers, in Räumlichkeiten des Steuerberaters oder die Prüfung direkt im Finanzamt. Bei der Prüfung beim Steuerberater sollte unbedingt vorher geklärt werden, wie teuer dieser Service ist. Bei der Prüfung im Finanzamt müssen schlimmstenfalls sämtliche Steuerunterlagen für alle Prüfungsjahre ins Finanzamt transportiert werden.
7. Im Fokus: Selbstständige im Nebenberuf
Handwerker, die im Nebenberuf selbstständig sind, haben dieselben steuerlichen Pflichten wie jeder andere selbstständige Handwerksbetrieb auch. Deshalb kann es selbst bei nur sehr niedrigen Umsätzen trotzdem zu einer Betriebsprüfung kommen. Bei Selbstständigen im Nebenberuf ist einer der häufigsten Gründe für eine Betriebsprüfung, dass dauerhaft steuerliche Verluste erzielt werden. Bei dauerhaften Verlusten im Zeitraum von drei bis fünf Jahren kann es durchaus passieren, dass die Verluste wegen fehlender Gewinnerzielungsabsicht (im Fachjargon: Liebhaberei) gestrichen werden. Und das ist bitter, wenn die Verluste aus dem Nebenberuf in den letzten Jahren steuersparend mit anderen Einkünften (zum Beispiel Arbeitslohn oder Rente) verrechnet wurden. Hier drohen teils hohe Steuernachzahlungen.
8. Prüfung wegen Ungereimtheiten
Oftmals sind es ganz banale Gründe, warum der Sachbearbeiter im Finanzamt, der für die Überprüfung der eingegangenen Steuererklärung zuständig ist, den Fall an die Betriebsprüfung meldet: Befindet sich im Betriebsvermögen eines Handwerkers beispielsweise ein teurer Firmenwagen, in der Gewinnermittlung wird aber nur ein minimaler Korrekturbetrag für die Privatnutzung angegeben. Oder weist die Gewinnermittlung eines Friseursalons bei den Betriebsausgaben mehrere tausend Euro für Bewirtungsaufwendungen aus, wittert das Finanzamt ebenfalls Mängel in der Buchführung.
Ein typischer Prüfungsgrund dürften auch dauerhaft niedrige Gewinne sein, die eigentlich nicht ausreichen, um die Lebenshaltungskosten für den Handwerker und seine Familie zu stemmen. Im Rahmen einer Betriebsprüfung wird das Finanzamt in solchen Fällen eine sogenannte Geldverkehrsrechnung durchführen und ermitteln, wie hoch die Lebenshaltungskosten und die erklärten Einnahmen sind. Bei nicht erklärbaren Differenzen droht eine Hinzuschätzung zum Umsatz und Gewinn des Handwerksbetriebs.
9. Informationen aus Kontrollmaterial
Viele Unternehmer, die vom Finanzamt geprüft werden, stellen sich die Frage "Woher hat das Finanzamt eigentlich seine Informationen über meine (Bar)Einnahmen?". Ganz einfach: Es wird dem Finanzamt, in dem der selbstständige Handwerker steuerlich registriert ist, Kontrollmaterial zugesandt. Denn Privatkunden reichen mit ihrer eigenen Steuererklärung häufig für Reparaturen in ihrem Privathaushalt die Handwerkerrechnung ein, um eine Steueranrechnung für Handwerkerleistungen zu bekommen (sogenannter Handwerkerbonus). Diese Rechnungen werden regelmäßig zu Kontrollzwecken an das für den Handwerker zuständige Finanzamt geschickt. Zwar gibt es den Handwerkerbonus bei Barzahlung der Handwerker nicht, doch private Steuerzahler reichen die Rechnung dennoch oftmals aus Unwissenheit beim Finanzamt ein. Liegt dem Prüfer des Finanzamts solches Kontrollmaterial vor, wird er natürlich gezielt danach suchen, ob die Rechnungsbeträge vom Handwerker als Betriebseinnahmen versteuert wurden.
10. Kommunikation ist wichtig
Oftmals kommt es im Rahmen einer Betriebsprüfung leider zu Steuernachzahlungen, obwohl gar keine offensichtlichen Fehler vorliegen. Zu der Nachzahlung kann es kommen, weil der Unternehmer von der Betriebsprüfung genervt ist und entweder keine Antwort gibt und die geforderten Unterlagen nicht vorlegt oder weil er sehr "schmallippig" nur die notwendigsten Informationen rausrückt. Das sollte aber unbedingt vermieden werden. Am besten ausführlich zu den Anfragen des Prüfers Stellung nehmen und die geforderten Unterlagen, sofern möglich, vorlegen. Sind nicht alle geforderten Unterlagen auffindbar, sollte das frühzeitig mit Angabe der Gründe kommuniziert werden.
11. Das letzte Wort hat der Unternehmer
Manchmal wird ein selbstständiger Handwerker von den Änderungs-Steuerbescheiden nach einer Betriebsprüfung böse überrascht. Denn eigentlich hat er sich auf seinen Steuerberater verlassen und sich aus der Betriebsprüfung herausgehalten. Doch selbst wenn sich der Steuerberater und der Prüfer des Finanzamts auf die in den Änderungs-Steuerbescheiden im Rahmen der Prüfung getroffenen Feststellungen verständigt haben, muss der selbstständige Handwerker das nicht akzeptieren. Gegen die Änderungs-Steuerbescheide nach einer Betriebsprüfung kann innerhalb eines Monats Einspruch eingelegt und fehlende Unterlagen oder Antworten können nachgereicht werden.
12. Anschlussprüfung möglich
Ist die Betriebsprüfung beendet, ist das leider oft kein Grund, sich entspannt zurückzulehnen. Denn bei gravierenden Buchhaltungs- oder Kassenmängeln unterstellt das Finanzamt, dass diese Mängel auch in Zukunft noch bestehen. Das dürfte zur Folge haben, dass sich das Finanzamt sofort für eine Anschluss-Betriebsprüfung anmeldet. Typischer Fall: Bei einer Bäckerei fand für die Steuerjahre 2020 bis 2022 eine Betriebsprüfung statt. Diese endete im Februar 2026. Da die Kassenmängel zu erheblichen Steuernachzahlungen führten und für die Steuerjahre 2023 bis 2025 bereits die Steuererklärungen vorliegen, wird das Finanzamt zeitnah eine weitere Betriebsprüfung für die Jahre 2023 bis 2025 anmelden.
Eine Anschlussprüfung könnte verhindert werden, wenn zwischen dem Finanzamt und dem selbstständigen Handwerker eine "tatsächliche Verständigung" vereinbart wird. Dann erhöht das Finanzamt die Umsätze und Gewinne der nachfolgenden Jahre und verzichtet auf eine weitere Betriebsprüfung. Der Antrag auf eine solche "tatsächliche Verständigung" muss jedoch vom Unternehmer kommen. Also bei gravierenden Buchhaltungsmängeln, die "tatsächliche Verständigung" mit dem Steuerberater diskutieren und die Buchhaltungsmängel sofort und nachweislich abstellen.
13. Verzögerungsgeld droht
Selbst wenn die Buchführung tipptopp ist, kann es passieren, dass nach einer Betriebsprüfung Zahlungen ans Finanzamt fällig werden. Und zwar dann, wenn trotz mehrmaliger Mahnung die geforderten Antworten und Unterlagen ausbleiben. Wird es dem Prüfer zu bunt, kann er ein Verzögerungsgeld von mindestens 2.500 Euro festsetzen. Also besser immer zeitnah antworten und wenn Unterlagen nicht mehr auffindbar sind, umgehend mitteilen.